一篇paper,6個Figure,他只用了18天,你也可以做到

-回復 -瀏覽
樓主 2020-04-29 14:42:40
舉報 只看此人 收藏本貼 樓主
  • A同學吭哧吭哧寫代碼,debug,用兩個月畫好美圖,發了paper,美滋滋;

  • B同學讀了A同學的paper,也想畫這個美圖,吭哧吭哧寫代碼,debug,用兩個月畫好美圖,發了paper,美滋滋;

  • 你讀了B同學的paper,也想畫這個美圖,72h就把圖畫好了,發了paper,美滋滋~~~


同樣一個圖,為什么你就能在短時間內畫好呢?因為你加入了“小丫畫圖群”呀


【群的來歷】

小丫喜歡從問題出發,解讀高水平文章的思路,高效率的幫你找到線索,同時提供基于實驗的證據,繪制出能放到文章里的結果圖:

再次把Cell爆文的思路、方法用到自己的課題上

把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中

用別人的數據發自己的Science | 給你的文章加5分

我把Nature的Figure畫成了蒙娜麗莎

他中了國自然,因為最后一周補了這張圖


小伙伴經常問小丫能不能提供這樣的幫助:

理思路:能不能分享解決這個問題的思路、方法?

幫畫圖:我想畫這篇paper里的這個圖;

求代碼:我想要畫這種圖的代碼;

最近小丫想出了一個好辦法,滿足了小伙伴的這三個需求,那就是“小丫畫圖群”~


【群描述】

最大化的發揮代碼的價值,需要畫圖的人更快出圖出paper,擅長畫圖的人發揮所長,勞有所得。

甲方:我需要這個圖,求代碼;

乙方:我模仿了一個paper里的圖,誰需要代碼;

小丫:替小伙伴發起眾籌;尋找代碼達人;找paper,挖掘圖的更廣泛的應用場景;讀paper,總結思路和方法,用來解決更多的問題


小丫畫圖群成立10天,已經有100位小伙伴加入“小丫畫圖群”,第一次眾籌就成功籌到了3個圖的代碼,已經可以用這3個圖講個帶機制帶臨床意義的故事了:


從臨床數據發現線索

用自己收集的臨床數據畫出漂亮的生存曲線,發現A基因高表達的患者預后差。

代碼一畫出的圖)


提出問題

問題一:A基因在癌癥里高表達,是什么原因引起的?能不能通過藥物抑制A基因的表達?

問題二:A基因的高表達引起了哪些下游基因的變化呢?能不能通過阻斷A基因所在的通路從而抑制癌癥發展呢?


挖機制

結合:分別向上游和下游找轉錄因子結合靶基因的證據;

調控:挖掘RNA-seq數據證實調控關系。


向上找,哪個轉錄因子調控了A基因?

按照《他中了國自然,因為最后一周補了這張圖》的思路,找到哪個轉錄因子調控你的基因,最后畫出下面這個矢量圖,不是截屏哦!

代碼三畫出的圖)


向下找,A基因調控了哪些靶基因?

按照《轉錄因子調控了誰?挖全天下所有高通量實驗數據,只為您解決這一個問題》的思路找靶基因。Plan A,敲降/敲除A基因,然后做RNA-seq,找到A基因調控的靶基因,那就一定會用到heatmap。《我畫的圖只能發Plos One?Genome Research的圖長啥樣?》里的heatmap就可以這樣畫出來。

(用代碼二畫出的圖)


如果用Plan B,通過ChIP-seq找靶基因,就需要挑兩個靶基因舉例子:用代碼二畫出這兩個靶基因上結合了A蛋白。


上面從轉錄因子結合DNA的角度出發挖機制,看到轉錄因子結合基因A,或者基因A結合靶基因。那么轉錄調控的結果如何呢?用R2就能看出轉錄因子對靶基因的調控是激活還是抑制,在哪種疾病里呈正/負相關關系。方法看這篇《14萬人的表達譜等你點鼠標》,文末那個應用實例你一定不要看,是一篇發表于2016年的Science paper,用這個思路挖掘出了MYC調控CD47的機制。


小丫已經被自己講(xia)故(hu)事(you)的能力驚呆了!


【拿到的代碼長啥樣】

發給你輸入數據、代碼上的注釋告訴你這行在干啥、還有結果圖。參加眾籌的小伙伴聚在小群里,還能討論畫圖時遇到的問題。


小伙伴收到的文件包:


點開html文件



注釋告訴你這行代碼是干啥的


用R markdown直接展示代碼運行結果


現在,小伙伴們72h內就能拿到心儀的圖或者代碼。按照一篇paper 6個Figure計算,真的只需要18天!!!


小丫畫圖群在加速中國科研發展~~~


【怎樣入群】

你來打賞,小丫拉你進群。建群第一天,小丫把打賞最低金額設為1元,每天+1,眾籌開始的這天剛好漲到10元封頂。感謝先入群的小伙伴耐心等待,我們終于在群成員95人時開始了眾籌,并且一下就搞了三個。

打賞后別忘了加小丫微信:epigenomics


今天,小丫把最低打賞金額再次調整為1元,3天后恢復到10元


小丫生怕小伙伴誤會這是個答疑解惑群,全方位多角度描述這個群:

【目標】省下重復性勞動的時間,更多的思考生物學問題

【口號】讓專業的人做擅長的事

【使命】高效率的發揮每個人的長處

【宗旨】最大化的發揮代碼的價值,避免重復性勞動

【本質】代碼交易中心

【原則】知識付費,抵制價格戰


【怎樣滿足需求方】

建群10天來,小伙伴們一同摸索出兩種方式:

懸賞

【提需求】需求方在群里發言:“懸賞***元,求畫***圖的代碼”。

【供給方】自由舉手,需求方自行選擇一位,單聊。在微店購買供給方“微信ID”商品,項目完成后,評價服務質量。

【質量控制】如果需求方對供給方提供的服務不滿意,小丫把供給方踢出群。

優點:簡單方便

缺點:需求方和供給方的利益無法得到保障。


眾籌(看起來好多條,其實入群之后秒懂)

【提需求】需求方在群里發言或找小丫替你發言:“眾籌***元,求畫***圖的代碼,入伙截止到**月**日**時,我需要在**月**日**時之前拿到代碼。”

【總價】建議綜合考慮難易程度和工作量,數星星:一顆星100元,兩顆星300元,三顆星500元,四顆星800元,五顆星1000元,上不封頂。

【定金】一顆星10元,其余為總價的5%。

【單價】單價 = 總金額 / 參與人數,參與的人越多,價格越低,以定金封底。

【眾籌截止時間】截止到提出需求后的24h。如果到時候沒有小伙伴應征,可獨自購買,或放棄眾籌(退還定金),或找小丫挖掘出更多應用場景,寫帖子招募小伙伴入伙,再次開啟眾籌。

【眾籌結束后的價格】眾籌結束時,我會把當初交定金的那個商品價格改為眾籌最終的單價*2,例如單價25元,以后沒參加眾籌的人按這個價格*2購買,就是50元。

【完成時間】需求方可自行定時間,或找小丫單聊。建議綜合考慮難易程度和工作量,數星星:一至三顆星72h,四顆星5天,五顆星7天,不要再長了吧。

【供給方】小丫嚴選有責任心、重視reputation的編程牛人坐陣。需同時滿足以下3條要求:1. 至少開發并維護過2個R包或其他開源工具;2. 曾繪制IF>5的文章里的圖>5個;3. 能保證24h內完成、72h內完美交付結果。歡迎更多編程牛人加入。如果沒人有能力在規定的時間內完成,小丫寫帖子,在嘉因公眾號公開招募英雄。

【嚴格質控】生產者完成后,交給小丫,小丫把關代碼質量,不僅能跑通,還要模塊化、注釋齊全。完美交付給需求方。

【答疑】參與眾籌的人,小丫單獨建小群,交付結果后,在小群里免費答疑1h,供給方負責答疑,或委托小丫答疑。

【擔保】參與眾籌的小伙伴在微店購買“眾籌定金”商品,備注里寫郵箱地址。如果反悔,定金不返還;入伙結束,購買“眾籌補差額”商品;完美交付結果后,小丫轉賬給供給方。

有的小伙伴不方便在微店支付,可以轉賬給小丫。本著公開透明原則,在《不要截屏,我要矢量圖!》里留言,例如“代碼一”,小丫收到后回復“收到定金”。




下面是小丫寫的技術貼,與您分享:


申課題


  • 他中了國自然,因為最后一周補了這張圖

  • 國自然愛明星,拉你的基因進明星通路,一圖搞定

  • RNA-seq這樣畫圖,國自然必得A

  • 任意兩組RNA-seq變身,國自然得AAA

  • 國自然有這個圖,誰敢說缺創新點


理思路


思路范文

  • 用別人的數據發自己的Science | 給你的文章加5分

  • 把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中

  • 帶你畫文中的泡泡圖第一步第二步第三步

  • 再次把Cell爆文的思路、方法用到自己的課題上

    文中的模式圖畫反了


轉錄調控

  1. 轉錄因子調控了誰?

    給你的新鑒定的轉錄因子加個Key Figure

  2. 哪個蛋白質調控我感興趣的基因?

    ChIP系列實現Plan A:點鼠標批量實現小丫幫你實現

    motif系列實現Plan B:去哪找motif找啟動子區的motif互補鏈上的motif有意義嗎?怎樣展示結果?

    Plan C:不需要那么多ChIP-seq

  3. 找關鍵轉錄因子

    老板讓找DNA轉錄調控分子,這個技術十拿九穩

  4. 我的基因的enhancer在哪?

    RNA-seq居然能挖出這么多機制!給你的文章加5分

  5. SNP怎樣影響轉錄調控?

    non-coding區的SNP影響了轉錄?HaploReg視頻

    變異會影響轉錄?SNP影響轉錄因子結合?RegulomeDB

    表觀基因組的轉化醫學 | Broad Institute 2017年底視頻 | Manolis Kellis


轉錄后調控

  • 哪個蛋白調控這個lncRNA?| 基于CLIP/RIP/RBNS公共數據研究轉錄后調控

  • 誰來調控我感興趣的lncRNA/circRNA/miRNA | 100%可行的解決方案V2.0

  • ENCODE RNA-seq、eCLIP-seq應用 | SNV影響RNA剪切

  • 把RNA跟基因型、疾病聯系起來 | GTExPortal、dbGaP、recount2視頻

  • 把RNA結合蛋白RBP跟表型、疾病聯系起來 | 研究轉錄后調控,用清華魯志的POSTAR

  • 決定RNA命運的蛋白質RBP,跟我想的一樣少嗎 | RNA-protein interactome進展 | 查日更的AmiGO


實現高難度實驗


測序實驗設計

  • 測多少數據量?幾個G?多少reads?如何換算?

  • RNA-seq要做幾次生物學重復?找出來的100%都是真正的應答基因

  • ChIP-seq的重復次數和對照

  • ATAC-seq的重復次數

  • eCLIP-seq的重復次數和對照

  • 全基因組、外顯子組、區域捕獲測序實驗設計


ChIP-seq

  • 組蛋白修飾預示著什么?

  • 藥物處理多久后能看到組蛋白修飾的變化?

  • ChIP實驗視頻 | 國語中字

  • ChIP實驗成敗關鍵 | 片段化 + 抗體 | 組織樣品處理 + 磁珠用法視頻

  • 搜抗體,哪家強?| 人工智能幫你找抗體,BenchSci,實時顯示引文Figure

  • ChIP實驗,這家公司做的怎么樣?有圖有真相


ATAC-seq

  • ATAC-seq在轉錄調控中的應用策略

  • ATAC-seq能干啥?看這一篇就夠了

  • 水生生物的ATAC-seq數據和文章都在這里

  • 植物ATAC-seq文章和數據都在這里

  • 果蠅ATAC-seq數據和文章都在這里

  • 什么樣的ATAC-seq是成功的?第一期:ENCODE的ATAC-seq質量把關標準


整合別人的數據挖自己的機制


【ChIP-seq】用別人的數據發自己的Science | 給你的文章加5分

【ATAC-seq】ATAC-seq能干啥?看這一篇就夠了 | 合成致死的ARID兩兄弟是怎么分工的?

【ATAC-seq】表觀基因組更穩定更長壽 | 這個問題是否跟表觀遺傳有關?先做個ATAC-seq再說

【DNase-seq】把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中

【Hi-C、DNase-seq、RNA-seq】等我有錢了,我也這樣研究一個基因

【ChIP-seq、ATAC-seq + RNA-seq + DNA羥甲基化】用腫瘤組織做ChIP-seq、ATAC-seq + RNA-seq + DNA羥甲基化 | 文獻解讀+作者talk視頻


畫結果圖


【例子】ChIP-seq不畫出這樣的結果圖,哪好意思說自己是做生信的

【key figure】他中了國自然,因為最后一周補了這張圖

【配色】我畫的圖只能發Plos One?Genome Research的圖長啥樣?

【配色】CNS最愛的配色,在網頁上點鼠標就能抓到

【配色】我把Nature的Figure畫成了蒙娜麗莎

【模式圖】Cell的模式圖畫反,反,反了

【組圖】我要用1h完成所有發表級Figure的排版 | 懸賞100元,招募latex高手

【矢量圖】不要截屏,我要矢量圖!


選好期刊


【摘要】摘要寫成啥樣,被引次數多?| 嘉因生物發表文章的影響力超過70%的研究論文

【投稿】Jane美女幫你選投稿期刊,找相似文獻,選審稿人

【檢索】直接按影響因子和發表年排序檢索paper

【檢索】測序文章檢索神器GCBI | 自帶影響因子篩選


其他


RNA-seq高階

  • RNA-seq居然能挖出這么多機制!給你的文章加5分

  • 做幾次重復能得到較低的p-value

  • Ensembl、UCSC、Refseq,該用哪個

  • Ensembl的注意事項

  • TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎?

  • Pvalue, FDR, cutoff

  • 數據預處理、聚類分析,HCL、 K means

  • 富集分析的注釋文件對結果的影響

  • 鏈特異RNA-seq數據antisense上的lncRNA-seq

  • 最全的ncRNA數據庫:RNAcentral

  • lncRNA的RT-qPCR驗證,選哪個lncRNA的哪段設計引物?

  • 最全的miRNA分析工具

  • miRNA的RT-qPCR驗證,高效,便宜,不限物種(附各試劑貨號)

  • miRNA家族成員列表下載 | 人/小鼠/果蠅/線蟲 | 還提供命令行

  • 我研究的miRNA沒,沒,沒了

  • 你的miRNA-seq數據要重新分析嗎?


從基因組測序數據挖轉錄調控機制

  • 看18分鐘視頻,徹底明白全基因組、外顯子組、區域捕獲測序 | 原理、優缺點、實驗設計

  • 12分鐘視頻,學會判斷DNA測序質量好壞

  • 5分鐘視頻,明白DNA變異位點是怎么找出來的

  • 變異會影響轉錄?SNP影響轉錄因子結合?RegulomeDB

  • non-coding區的SNP影響了轉錄?HaploReg視頻

  • 用同樣的工具畫圖,賣家秀Nature communications VS. 買家秀Nature Genetics

  • 表觀基因組的轉化醫學 | Broad Institute 2017年底視頻 | Manolis Kellis

  • 參與GATK4.0發布會直播 | 臨時抱佛腳,DNA測序pipeline視頻

  • 上阿里巴巴云,用又快又可靠的GATK4

  • 我用買服務器的錢做了這件事,評職稱,我怕誰?


工具

  • BETA?| ChIP-seq和RNA-seq整合分析

  • CistromeCancer | ChIP-seq和TCGA整合分析

  • clusterProfiler?| 富集分析

  • meme-FIMO | 找motif

  • I-ATAC?|?實驗貓也能做ATAC-seq數據分析

  • TCGA,她已經用了七年 | 資深用戶深度點評

  • R2 |?14萬人的表達譜等你點鼠標

  • COREMINE |?最全的研究進展

  • 史上最全ncRNA數據庫:RNAcentral | 最權威的EMBL-EBI出品

  • 全世界的miRNA分析工具都在這里 | 平行對比多個工具的靶基因預測結果


講座視頻

  • 頡偉講怎樣用ATAC-seq研究表觀遺傳機制的視頻

  • 找轉錄因子靶基因,沒有ChIP抗體?ATAC-seq也能實現

  • ChIRP和ATAC-seq發明人Howard Y Chang講lncRNA研究的視頻

  • ChIP-seq基礎知識視頻集錦

  • ChIPseq數據分析基礎視頻

  • ENCODE介紹視頻 | 由ENCODE成員翁志萍教授親自講解

  • ENCODE IDR pipeline Q&A 視頻記錄

  • ENCODE + modENCODE + modERN | 人、果蠅、線蟲轉錄因子ChIP-seq數據整合分析ncRNA

  • 哪個蛋白調控這個lncRNA?| 基于CLIP/RIP/RBNS公共數據研究轉錄后調控

  • 等我有錢了,我也這樣研究一個基因


速查

  • 做過ChIP-seq或ATAC-seq的物種

  • 植物的ENCODE

  • 植物ATAC-seq文章和數據

  • 果蠅ATAC-seq數據和文章

  • 水生生物的ATAC-seq數據和文章

  • miRBase物種名縮寫

  • Ensembl基因組+注釋 | 植物

  • Ensembl基因組+注釋 | 動物

  • motif


參加學術會議感受分享

  • GATK·2018培訓

  • 細胞生物學2017年會

  • CSCO2017年會

  • IBW2017生物信息學大會

  • 在學術會議上建立有效的Network


    訪談

    • Genome Biology第一作者訪談 | 怎樣問生物學問題?做開創性研究的過程中遇到哪些瓶頸?怎樣解決?

    • 生信入門路 | 生物/醫學人的生信啟蒙 | 訪談各種專業背景的生信人?


    讀到這里的一定是真愛

    打賞后別忘了加小丫微信:epigenomics,拉你進群,我們一起走上畫圖快車道~


    點擊“閱讀原文”直達技術貼目錄。

    我要推薦
    轉發到
    意甲联赛什么时候开始